Para la implementación del Plan Estratégico del OMIH, se han definido los siguientes instrumentos de operación:
a) Monitoreo del fenómeno migratorio y las políticas públicas, tanto nacionales como internacionales en la materia. El monitoreo se realizará a través del seguimiento del fenómeno migratorio en tres grandes áreas, la humana, la normativa y la de política pública; el OMIH no generará información primaria sobre los flujos migratorios sino que basará su monitoreo en las fuentes de información disponibles, procurando su ampliación y mejora.
b) Cofinanciación de la investigación social, que operará mediante un fondo de investigaciones con convocatorias periódicas y convenios de colaboración con actores académicos y sociales de Honduras.
c) Formación y capacitación, que contribuirá de manera permanente a través de una oferta formativa especializada al fortalecimiento de capacidades del personal de las instituciones y organizaciones que trabajan en el sector.
d) Asistencia Técnica que incluye la provisión de apoyo especializado para la generación de capacidades, especialmente dirigida a las instituciones públicas del nivel nacional, regional y local con responsabilidades en el tema migratorio.
e) Convenios y acuerdos interinstitucionales que se convertirán en el principal mecanismo de relación institucional y establecimiento de compromisos mutuos para la puesta en práctica de los otros instrumentos operativos previstos.